G.F.には、ジャンクションできる「通常型」と、バトル中に特定の条件で現れる「乱入型」があります。乱入型はメニュー画面に表示されず、ジャンクションに関わる能力もアビリティもHPも持ちません。EXPやAPも入りません。レベルはパーティーの平均レベル（小数点以下切り捨て）と同じで、コチョコボだけは「おでかけチョコボRPG」のプレイ内容で決まります。乱入型G.F.が倒した敵のEXP（ボーナス値）は、そのG.F.を召喚したキャラクターに入ります。
コチョコボCHICOBO
| 入手方法 | チョコボの森でチョコぶえを使ってチョコボをつかまえます（へるぷミーでは不可） |
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| 召喚手順 | バトル中にギサールの野菜を使います（コチョコボが「おでかけチョコボRPG」に出かけているときは召喚できない） |
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召喚魔法
| 魔法名 | 対象 | 属性 | ステータス変化 | 効果 |
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| チョコファイア | 敵全体 | 炎 | なし | 口から火炎を発射します。火炎は落下と同時に爆発します |
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| チョコフレア | 敵全体 | なし | なし | エネルギー弾を発射して敵パーティーの中心部で爆発させます。無属性 |
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| チョコメテオ | 敵全体 | なし | なし | 星形の隕石を落とす無属性の全体攻撃。攻撃力以外の性能はチョコフレアと同じ |
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| チョコボックル | 敵全体 | なし | なし | デブチョコボを呼んで敵を押しつぶします。ダメージに制限がなく9999を超えられます。防御力無視の効果はありません |
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召喚魔法の種類は「おでかけチョコボRPG」で★を増やすと強くなります（変えられるのはコチョコボがLV50になったあと）。
レベルごとの攻撃力
| LV | チョコファイア | チョコフレア | チョコメテオ | チョコボックル |
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| 1 | 750 | ― | ― | ― |
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| 10 | 1,200 | ― | ― | ― |
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| 20 | 1,700 | ― | ― | ― |
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| 30 | 2,200 | ― | ― | ― |
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| 40 | 2,700 | ― | ― | ― |
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| 50 | 3,200 | 4,950 | ― | ― |
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| 60 | 3,700 | 5,700 | 8100（LV63） | ― |
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| 70 | 4,200 | 6,450 | 8,800 | 12000（LV76） |
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| 80 | 4,700 | 7,200 | 9,800 | 12,500 |
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| 90 | 5,200 | 7,950 | 9,999 | 13,750 |
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| 100 | 5,700 | 8,700 | 9,999 | 15,000 |
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ムンバMOOMBA
| 入手方法 | （ゆうじょうのあかしを持っていれば呼べる） |
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| 召喚手順 | バトル中にゆうじょうのあかしを使います |
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召喚魔法
| 魔法名 | 対象 | 属性 | ステータス変化 | 効果 |
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| ムンバムンバムンバ | 敵単体 | （防御力無視） | なし | 上空から急降下して敵1体を攻撃します。相手の防御力を無視して「対象の残りHP−1」のダメージを与えます（9999が上限） |
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コモーグリMOG
| 入手方法 | 「おでかけチョコボRPG」でコモーグリと合流します。モグのお守りを使ってG.F.に「コモーグリ」を修得させます |
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| 召喚手順 | バトル中に「コモーグリ」コマンドを選びます（コモーグリが「おでかけチョコボRPG」から「おかえり」していないときは召喚不可） |
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召喚魔法
| 魔法名 | 対象 | 属性 | ステータス変化 | 効果 |
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| モーグリダンス | G.F.全体 | なし | HP全回復＋蘇生 | ジャンクション中のG.F.すべてにHP全回復と蘇生の効果を与えます。使用時はパーティーの平均レベル×100ギルを消費します（ギルがなければ召喚不可） |
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フェニックスPHOENIX
| 入手方法 | フェニックスの羽を手に入れます |
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| 召喚手順 | 任意発動：バトル中にフェニックスの羽を使用します。自動発動：フェニックスの羽の使用経験があり、かつフェニックスの羽を所持中にパーティーが全滅するとランダムで発動（1回につきフェニックスの羽を1個消費） |
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召喚魔法
| 魔法名 | 対象 | 属性 | ステータス変化 | 効果 |
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| 転生の炎 | 敵全体／味方全体 | 炎／なし | なし／（蘇生） | 敵を灼熱の炎で攻撃すると同時に、戦闘不能状態の味方すべてを蘇生させ、HPを最大値の12.5%まで回復します |
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レベルごとの攻撃力
| LV | 攻撃力 |
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| 1 | 393 |
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| 10 | 1,252 |
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| 20 | 2,205 |
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| 30 | 3,157 |
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| 40 | 4,110 |
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| 50 | 5,062 |
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| 60 | 6,015 |
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| 70 | 6,967 |
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| 80 | 7,920 |
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| 90 | 8,872 |
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| 100 | 9,825 |
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オーディンODIN
| 入手方法 | セントラ遺跡でオーディンとバトルをして勝ちます |
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| 召喚手順 | バトル開始時にランダムで召喚されます |
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召喚魔法
| 魔法名 | 対象 | 属性 | ステータス変化 | 効果 |
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| 斬鉄剣 | 敵全体 | なし | （吹き飛ばし） | 敵を一刀両断にして倒します。サボテンダーや各種ボスといった一部のモンスターには効かず、ダメージも与えられません |
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ギルガメッシュGILGAMESH
| 入手方法 | ルナティックパンドラでのサイファー（4回目）とのバトルまでにオーディンを入手します。サイファー（4回目）とのバトルで、サイファーのHPをゼロにしないでバトルを一定時間つづけます（以降オーディンは出現しなくなる） |
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| 召喚手順 | バトル中にランダムで召喚されます |
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召喚魔法
| 魔法名 | 対象 | 属性 | ステータス変化 | 効果 |
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| 斬鉄剣 | 敵全体 | なし | （吹き飛ばし） | 切れ味のするどい剣を横に払い、すべての敵をまっぷたつにします |
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| まさむね | 敵全体 | なし | なし | 封印されていた日本刀で斬りかかり、すべての敵に大ダメージを与えます |
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| エクスカリバー | 敵全体 | なし | なし | 聖剣の名を持つ青い剣を振って、敵全体に無属性のダメージを与えます |
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| エクスカリパー | 敵全体 | （防御力無視） | なし | かつてギルガメッシュがカンちがいで入手したニセモノの聖剣で攻撃します。つねに1のダメージしか与えられません |
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落下してきた4種類の剣のうち、ランダムで選んだ（落下直後に一番奥にある）ものを使って攻撃します。
レベルごとの攻撃力
| LV | まさむね | エクスカリバー |
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| 1 | 2,625 | 1,000 |
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| 10 | 3,750 | 1,562 |
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| 20 | 5,000 | 2,187 |
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| 30 | 6,250 | 2,812 |
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| 40 | 7,500 | 3,437 |
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| 50 | 8,750 | 4,062 |
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| 60 | 9,999 | 4,687 |
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| 70 | 9,999 | 5,312 |
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| 80 | 9,999 | 5,937 |
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| 90 | 9,999 | 6,562 |
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| 100 | 9,999 | 7,187 |
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